怎么选择差异表达基因的常见问题

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问： 请问从 DEGs 文件中筛选差异表达基因设置条件时，是不是要优选按 FC 筛选，再按 p 值分别筛选 20 个显著表达的（或指定个数的）up、down 基因？还是说 up、down 基因总共筛选 10 个？

答： 这主要取决于您的具体研究目的和数据分布情况。

通常的做法：

优先按 Fold Change (FC) 进行排序或设定阈值，以筛选出变化倍数大的基因。

其次按 p 值（或 FDR/adj.P.Val）进行筛选，以确保统计显著性。

关于数量：一般建议上调（up）和下调（down）基因分别筛选相同数量（例如各 20 个），这样便于后续的对比分析（如 GO/KEGG 富集分析）。除非您的样本量极小或数据质量特殊，否则不建议将上下调基因总数限制得过少（如总共 10 个）。

问： 用 GFP，RFP 基因标记为什么小动物成像系统观察费劲？

答： 主要原因通常包括以下几点：

荧光信号穿透深度有限：GFP 和 RFP 的激发光波长较短，组织对其吸收和散射较强，导致深层组织的信号难以被体外检测到。

自体荧光干扰：小鼠等实验动物的皮毛、皮肤及部分器官本身具有自发荧光，会掩盖较弱的 GFP/RFP 信号。

信号衰减与背景噪音：在活体成像中，由于动物呼吸运动、肠道蠕动以及毛发对光的阻挡，会导致图像模糊或信噪比降低，使得观察变得困难。

问： 在做课题时，如果上下调基因数量不平衡，应该如何处理？

答： 正如您提到的“看需求"，处理策略如下：

理想情况：如果上下调基因数量都充足，自然很好，可以各选指定数量进行分析。

数量不平衡时：如果其中一边（如 down 基因）数量偏少，而您的研究重点又恰好在这一边，建议分开筛选。即上调基因按标准筛选一批，下调基因有多少算多少（或单独设定宽松条件），以保证研究目标的完整性。这也是您课题最终采取的方法。